La Reserva Natural Canal Luis Peña fue identificada por el Programa de Manejo de Zona Costanera de Puerto Rico como un área de valor ecológico, la cual amerita que se proteja de forma particular y se sometió a la consideración de la NOAA, una propuesta para incluir este sector del municipio de Culebra en la lista de áreas para designarse como Reserva Natural bajo uno de los cuatro elementos principales del Programa de Manejo de Zona Costanera de Puerto Rico: guiar el desarrollo en la propiedad pública y privada.
El esfuerzo para la designación del Canal Luis Peña como reserva natural respondió a un movimiento titánico de parte de la Asociación de Pescadores de Culebra, los vecinos de la Isla municipio, la comunidad científica, la academia y el gobierno para proteger los recursos marinos de estas aguas territoriales, los terrenos sumergidos bajo éstas y la zona marítimo terrestre. Luego de 18 años de esfuerzo, 11 de junio del 1999, se designó como reserva natural y para el mismo año, el DRNA sometió la orden administrativa de no pesca para la misma.
El DRNA, cumpliendo con su deber ministerial y en respuesta al interés ciudadano, realizó los procesos pertinentes a la inclusión del área para su designación como reserva natural.